Santa Maria Maddalena nel 1491 ottenne la fonte battesimale con un censo annuo di due paia di capponi da versare alla mensa vescovile. Le notizie storiche inerenti alla nuova chiesa stanno ad indicare una buona attività che gravitava intorno al nuovo centro religioso del paese. Nel 1578 ci fu la visita pastorale del vescovo Bossi, nel 1593 il vescovo Gomitoli pose venti domande ai parroci della zona per avere contezza dello stato di ciascuna parrocchia. Le risposte sulla chiesa di Tuoro furono incoraggianti: Santa Maria Maddalena risultò essere ben curata ed era pievania.
Sant’Agata era ormai diventata beneficio semplice per il mantenimento dei religiosi grazie alle rendite dei terreni, ed esisteva anche la chiesa di S. Cristoforo (di cui oggi al pari di S. Onofrio non rimangono che resti appena visibili). Il 22 luglio, festa della patrona, di ogni anno c’è un Ufficio solenne con l’intervento di 20 sacerdoti. Nel 1603 il parroco don Michele Dragomanni dovette depositare un attestato in cui si rendeva noto il fatto di aver palesato ai suoi fedeli due bandi che il papa aveva emanato contro il protestantesimo. Un altro atto risalente alla fine degli anni ‘20 del 700 riguarda la registrazione dei morti, che precisava se i morti si erano confessati, se avevano o meno ricevuto eucaristia e olio santo. Da questi anni si evince un elevato tasso di morte infantile.
È stato anche ritrovato un documento in cui le truppe francesi, di passaggio intorno all’anno 1807, hanno esatto un esborso dalle Confraternite presenti di uno scudo e quattro soldi.
I primi restauri sono datati 1803, ma nel 1866 i capifamiglia Toreggiani si recarono dal vescovo Pecci presentando una mozione a seguito dell’esigenza di ricostruire la chiesa. Il vescovo approvò e i lavori furono affidati all’architetto Giovanni Santini e alla sua morte nel 1868 a Gioacchino Brunori che rispettò fedelmente i progetti del suo predecessore.
Nel 1888 la chiesa si può dire ultimata e da Firenze arrivarono tre altari composti da Cesare Corsi. Nel 1949 l’abside della chiesa di Santa Maria Maddalena fu decorato dal maestro futurista perugino Gerardo Dottori. La scena immortala la Conversione di Maddalena mentre il Cristo istruisce seduto al tavolo del fariseo e alle loro spalle domina il Trasimeno.